Proses penjaringan mahasiswa akan menunjang dalam peningkatan kualitas selama menempuh perkuliahan di UNEJ. Hal ini diharapkan dapat memberikan profil lulusan yang berdaya saing tinggi. Sumber penerimaan mahasiswa tahun ajaran 2017 dengan proporsi perbandingan SNMPTN: SBMPTN: Mandiri (30%: 40%: 30%); tahun 2018 dan tahun 2019 dengan proporsi 30%: 50%: 20%.
Kondisi ini menggambarkan bahwa UNEJ senantiasa berupaya meningkatkan mutu input dengan memberikan akses yang luas bagi masyarakat secara adil dan terbuka melalui jalur ujian masuk nasional SNMPTN dan SBMPTN sebesar 80%. Hal ini juga dapat ditunjukkan dengan semakin besarnya animo calon mahasiswa yang ingin menempuh pendidikan di UNEJ. Pada tahun 2019, UNEJ berada pada posisi peringkat ke-8 dengan jumlah peminat terbanyak dalam SBMPTN di Indonesia.
Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN). Penerimaan melalui jalur SNMPTN mengikuti Panduan Pelaksanaan Nasional yang dapat diakses pada laman http://www.snmptn.ac.id/manual/snmptn/ dan https://unej.ac.id/pendaftaran/. Dasar penentuan grade untuk SNMPTN adalah indeks sekolah dan indeks siswa. Pada jalur ini, terdapat penerimaan melalui program Afirmasi Pendidikan Tinggi (ADIK) jalur SNMPTN http://lp3m.unej.ac.id/?p=4820. Program ADIK memberi akses pendidikan bagi masyarakat dari Papua, Papua Barat, wilayah di daerah 3T (Terdepan, Terluar, dan Tertinggal), anak-anak bangsa dari TKI (Tenaga Kerja Indonesia) di luar negeri, anak-anak dari wilayah yang terdampak bencana alam atau bencana kemanusiaan sehingga mengakibatkan mahasiswa setempat kehilangan akses pendidikan ke perguruan tinggi.
Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SBMPTN). Jalur seleksi ini berupa ujian tertulis secara nasional berdasarkan pada panduan pelaksanaan nasional dan dapat dilihat langsung dalam website (https://sbmptn.ltmpt.ac.id/?mid=13#a5). Program ini juga memiliki program ADIK sebagaimana yang telah diuraikan pada jalur SNMPTN.
Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Besuki Raya (SBMPTBR), dengan informasi pada laman https://sbmptbr.unej.ac.id/pengumuman. Mekanisme seleksi diatur dalam Panduan Penerimaan Mahasiswa SBMPTBR. Penerimaan jalur ini dengan pertimbangan keramahan sosial. Jalur ini berupa ujian tertulis dengan metode Ujian Tulis Berbasis Cetak (UTBC) dan Ujian Tulis Berbasis Komputer (UTBK) secara serentak di 5 (lima) Kabupaten/Kota wilayah Besuki Raya yaitu Kabupaten Jember, Bondowoso, Banyuwangi, Lumajang dan Probolinggo.
