FH UNEJ Memiliki Struktur yang terdiri atas Dekan, Senat dan Kepala Bagian Umum. Dekan dibantu oleh Wakil Dekan I (Bidang Akademik), Wakil Dekan II (Bidang Keuangan dan Umum), Wakil Dekan III (Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerja Sama).